웨이우얼족은 거의 다 이슬람교를 믿는다. 이슬람교는 웨이우얼인들의 민족종교인 셈이다. 그렇다고 그들이 조상 대대로 이슬람교를 믿어온 건 아니다.

현재의 웨우얼인과 직접적인 혈연관계를 지닌 훼이허(回纥)족은 8세기 중엽까지 샤머니즘, 9세기에는 이란지역에서 당나라에 전파된 마니교를 믿기도 하였다. 이후 훼이허족이 신장지역으로 이주한 후 10세기부터 신장 남부에서부터 이슬람교가 정착되기 시작하였다. 그 후 약 5백년 간 신장의 서부는 이슬람교 동부는 불교로 16세기까지 지역적으로 양분되었다. 14세기 신장 북부 지역을 통치하던 몽고의 왕이 이슬람교로 개종하고 전 17만 몽고군에게도 이슬람교를 믿게 하였다. 그 후 몽고군이 신장 전 지역을 통일하게 되자 16세기에는 신장지역의 전체 사람들이 이슬람교를 신봉하게 되었다.

이슬람교의 영향은 지대하여 사람들의 생각과 모든 일상생활을 통제한다. 특히 ‘알라신만이 유일하다’라고 맹세하는 것, 하루 5번 기도하는 것, 9월에 금식하는 것, 사원에 종교세  를 납부하는 것, 일생 중 한 번은 반드시 메카 순례하는 것을 실천하려고 노력한다.

아이가 출생한 후 7일이 지나면 아홍(이슬람 성직자)이 와서 코란경내의 이름 중 하나를 선택하여 아이의 이름을 지어준다. 이 때문에 이슬람교도들은 같은 이름이 많다. 그래서 이름 뒤에 아버지의 이름이나 자신이 살고 있는 지방의 이름을 추가한다. 남자는 7세가 되면 종교학교에 입학하고, 남자 9세 여자 11세가 되면 하루 5번의 기도를 해야 한다.

금기사항으로는 돼지고기, 동물의 피를 먹지 않는다. 그리고 이슬람의 교리에 따르면 술도 먹지 못하게 되어 있다. 하지만 중국의 소수민족 중에 주량이 센 민족으로 몽고족, 조선족과 함께 위그르족도 한 자리 차지하는 걸 보면 교리를 다 지키지 못하고 사는 것은 보통사람과 다를 바 없다.

주택의 특징은 대개 서쪽으로 대문을 내지 않는다. 또한 잘 때도 동쪽에 머리를 두지 않는다. 즉, 서쪽으로 발을 향하게 하지 않는다. 이 모든 이유는 이슬람 성지인 메카가 서쪽에 있기 때문이다.

이슬람 경전에 우상숭배를 철저히 금하기 때문에 공예품에는 인물을 그린 것이 거의 없다. 그래서 각 종 공예품이나 양탄자, 모자 등에는 꽃, 기하 등의 도안이 그려져 있다. 집안에도 사진이나 인물 그림, 조각상들이 전혀 없다.