깃대종은 기(flag, 旗)+대(가늘고 긴 막대)+종(species, 種)을 합친 말로, 특정 지역의 생태계를 대표할 만한 종을 가리키는 말이다. 또 그 중요성으로 인해 보호할 필요가 있다고 생각하는 생물종을 일컫는다.

1993년 국제연합환경계획(UNEP)이 발표한 '생물다양성 국가 연구에 관한 가이드라인'에서 제시한 개념이다. 깃대종은 생태계 종 다양성 유지에 결정적 역할을 하는 핵심종과 달리, 없어져도 생태계 균형이 깨지지는 않는다. 그러므로 상징적인 의미에서 지역 특별성이 있거나 희귀보호종으로 선정하는 경우가 많다.

우리나라 국립공원 깃대종으로는 1967년 지리산국립공원의 반달가슴곰과 히어리를 처음 지정한 이후 2013년 무등산국립공원의 수달과 털조장나무까지 현재 총 37종의 동물과 식물이 있다.

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