냉장고에 달걀을 보관할 때 냉장고 문에 설치된 선반을 이용하는 경우가 많다. 하지만 달걀의 신선도를 생각하면, 달걀은 냉장고 문이 아닌 냉장고 안쪽에 보관하는 것이 더 바람직하다. 냉장고 문은 온도변화가 자주 생겨 달걀의 신선도가 떨어지기 때문이다.

농촌진흥청에 따르면 달걀의 이상적인 보관 조건은 온도 2도(℃), 상대습도 80퍼센트(%)다. 달걀은 보관 과정에서 달걀 내 공기가 드나드는 공간(기실)을 통해 수분이 증발한다. 달걀 보관 기간이 길어질수록 달걀 안에 공간이 많아진다.

달걀을 흔들었을 때 출렁거리거나, 물에 담갔을 때 뜨면 오래됐다고 판단하는 것은 기실에 공기가 들어 있는 원리를 활용한 것이다. 기실을 통한 수분 증발을 막기 위해서는 낮은 온도와 높은 습도에서 보관하는 것이 좋다.

달걀을 종이 포장 형태로 보관하면, 냉장고 안의 음식 냄새가 달걀 내부로 흡수되는 것을 막을 수 있다.

또한, 달걀은 물에 씻지 않고 보관해야 한다. 달걀을 물에 씻으면 미생물의 침입을 막고 수분 증발을 억제하는 달걀 껍데기의 큐티클 층이 사라진다.