뺑소니, 증거인멸, 경찰 매수의 죄목으로 감옥에 간 유건(김래원 분)은 그 교도소의 권력 실세이자 왕으로 군림하는 범죄자 익호(한석규 분)를 만난다. 다혈질 성격의 유건은 우연한 기회에 익호의 눈에 띄어 함께 범죄를 계획하는 그룹에 속하게 된다. 

모범수로의 석방도 거부하면서 범죄자뿐만 아니라 교도소 간수까지 움직이는 익호는 세상을 움직이는 것은 자신이고, 모든 것을 지배하는 황제가 바로 자신이라고 자부하면서 돈으로 사람을 매수하고, 말을 듣지 않으면 잔인하게 죽이고, 범죄를 은닉하고, 또 범죄를 계획하면서 살아간다. 자기가 하고 싶은 대로 할 수 있는 감옥에서 황제로 살아가기 위해서 말이다. 

익호는 교도소에서 황제가 되어 살아가지만, 익호가 있는 세상은 결국 감옥이다. 그 어떤 자유로움도 없고, 단지 범죄자들과 간수들에게 군림하는 것 외에는 더 나은 삶이 없는 곳. 

익호는 감옥에서 황제가 되어 봤자, 결국 죄수인 것을 깨달아야 했다. 그랬다면 그의 삶은 조금 덜 불행한 선택을 하지 않았을까? 

잔인함 속에서 잘못된 꿈을 꾸면서 살아가는 한 인간의 모습을 보면서 착잡한 느낌을 떨쳐버릴 수가 없는 영화 ‘프리즌’은 세상을 자신의 것으로 만들고 싶어했던 어리석은 한 인간의 이야기다.