마이크로바이옴이란 미생물(Microbe)과 생태계(Biome)를 합친 말로 우리 몸에 사는 바이러스, 곰팡이 등의 미생물과 그 유전정보를 뜻한다.

인체 마이크로바이옴의 수는 순수한 인체의 세포수보다 두 배 이상 많고 유전자 수는 100배 이상 많다. 따라서 미생물을 빼놓고 인간의 유전자를 논할 수 없을 정도이기에 제2의 게놈(Second Genome)이라 부르기도 한다.

마이크로바이옴은 유익균과 유해균이 생성되는 원리와 질병 간의 연관성 등을 분석할 수 있어 신약 개발 및 치료법 연구, 식품, 화장품 등에 폭넓게 활용될 수 있다. 다만 이를 활용한 의약품 개발 연구는 대부분 초기 단계다.