1949년 6월 26일, 서울 경교장(현재의 강북 삼성의료원)에 갑자기 4발의 총성이 울려 퍼졌다. 당시 육군 소위인 안두희는 이날 오전 11시 반 김구 선생 면회를 요청, 소지하고 있던 45구경 권총 4발을 김구를 향해 발사하여 안면, 복부 등에 치명상을 입혔다.

현장에서 경호원들에 의하여 붙잡혀 헌병사령부로 연행된 안두희는 평소에 존경하던 김구가 귀국 후 남북협상에 참여하는 등 정치적 혼란을 조장하기 때문에 살해한 것이라며 암살 동기를 진술했다. 그러나 이 사건은 단순 암살이 아닌 여러 배후설이 난무했지만, 의혹만 있을 뿐 밝혀진 것은 없었다.

백범 김구 선생의 죽음은 한반도 통일 정부 수립을 갈망하던 국민에게 큰 충격이었다. 장례식은 국민의 애도가 이어지는 가운데 7월 5일 서울운동장에서 대한민국 건국 후 최초로 국민장으로 거행되고 유해는 효창공원에 안장되었다.

정부는 김구 선생이 타계한 지 13년이 지난 1962년, 김구 선생의 공훈을 기리는 건국훈장 대한민국장을 추서했다.